Aoun se opuso al acuerdo y emitió un decreto a principios de noviembre de ese año sobre la disolución del Parlamento, y convocó a elecciones bajo la supervisión de la Organización de las Naciones Unidas.
En noviembre, el Parlamento disuelto se reunió en la Base Aérea Qoleiat en el norte de Líbano, donde aprobó el Acuerdo Taef y eligió a Rene Moawad como presidente del país.
Moawad fue asesinado el 22 de noviembre y el Parlamento eligió entonces a Elias Hrawi el 24 de noviembre para que lo sustituyera.
El 13 de octubre de 1990, una operación militar encabezada por Siria, en la que los sirios utilizaron aviones caza por primera vez en Líbano, invadió áreas liberadas de Líbano y atacó el palacio presidencial en Baabda, lo que obligó a Aoun a refugiarse en la embajada de Francia.
Luego se vio forzado a exiliarse en Francia. Regresó a Líbano el 7 de mayo de 2005 tras el asesinado del ex premier Rafic Hariri.
Aoun obtuvo la mayor representación cristiana en las elecciones parlamentarias de 2005 y encabezó un bloque de 27 miembros que llamó "Cambio y Reforma".
En 2006, Aoun alcanzó un entendimiento con Hizbulá, el movimiento detrás de la profunda división política en el país entre lo que se conoce como el Campo 8 de Marzo, apoyado por Irán y Siria, y el Campo 14 de Marzo apoyado por Occidente y Arabia Saudí.
Durante la guerra israelí de 2006 con Hizbulá, Aoun fue fiel aliado del partido miliciano.
Aoun anunció su candidatura para las elecciones presidenciales en 2008 después de que terminó el período del presidente Emile Lahoud, pero las disputas internas y un acuerdo alcanzado en Doha, la capital de Qatar, llevó a la elección de Michel Suleiman como presidente.
Desde 2014, Aoun ha sido el candidato de Hizbulá para la presidencia, pero el Campo 14 de Marzo se opuso con firmeza a su candidatura.
A finales de 2015, el jefe de las Fuerzas Armadas de Líbano, Samir Geagea, hizo un drástico cambio y se retiró de la contienda presidencial, y anunció un acuerdo con Aoun para apoyar su candidatura.
Saad Hariri también anunció su apoyo hacia Aoun a principios de este mes, una acción que facilitó la elección del ex general del ejército para convertirse en el decimotercer presidente de la República de Líbano.